Στην ιστορική ενορία του Αγίου Αθανασίου στο Χωριό της πόλης της Σύμης, ένα σύμπλεγμα οκτώ κτηρίων με τις αυλές και τους κήπους τους συνθέτουν το συγκρότημα του αρχαιολογικού μουσείου του νησιού, που αναπτύσσεται σε τέσσερα βασικά υψομετρικά επίπεδα, ακολουθώντας την απότομη κλίση του βραχώδους εδάφους, σε μια συνολική έκταση 1.385,75 τ.μ. Στα αρχοντικά Φαρμακίδη (19ος αιώνας) και Χατζηαγαπητού (18ος αιώνας) έχουν προστεθεί τρεις γειτονικές αποκαταστημένες παραδοσιακές κατοικίες.
Η ποικιλία τύπων και μορφών των κτισμάτων αντανακλά την αρχιτεκτονική εξέλιξη του νησιού, απηχώντας ταυτόχρονα και την οικονομική κατάσταση των ιδιοκτητών. Η έκθεση των συλλογών του μουσείου οργανώθηκε με κεντρικό άξονα τον κοινωνικό, οικονομικό και πνευματικό βίο κατά την περίοδο της ακμής στην ιστορία της Σύμης (18ος – 19ος αιώνας) μέχρι τον απόηχό τους στον 20ό αιώνα.
Μέσα από τις διαφορετικές θεματικές εκθεσιακές ενότητες παρουσιάζεται η ιστορία και η μνημειακή τοπογραφία του νησιού από τους προϊστορικούς χρόνους έως τη σύγχρονη εποχή.
Η Σάλα Χατζηαγαπητού, μέρος του συγκροτήματος του Αρχαιολογικού Μουσείου, αποτελεί εξαιρετικό δείγμα αρχοντικής κατοικίας του 18ου αιώνα. Το αρχοντικό περικλείεται από έναν ψηλό μαντρότοιχο. Η κύρια είσοδος του κτηρίου της Σάλας βρίσκεται στα νότια, όπου και η βοτσαλωτή αυλή, η οποία παρουσιάζει ιδιαίτερη διαρρύθμιση με τοξοστοιχία, θυμίζοντας αυλές μοναστηριών. Η καθαυτό Σάλα είναι μια επιβλητική μακρόστενη αίθουσαμε πλακόστρωτο δάπεδο διακοσμημένο με βοτσαλωτά σχέδια. Στο πατάρι πάνω από την είσοδο κάθονταν οι μουσικοί που διασκέδαζαν τους καλεσμένους. Οι άλλοι χώροι που διατάσσονται αριστερά και δεξιά της κεντρικής αίθουσας, περιλαμβάνουν τραπεζαρία, υπνοδωμάτια, γραφείο και κουζίναμε πατάρια, χώρο για τη διαμονή των γερόντων γονέων (το γεροντομοίρι) και χώρο για τη φύλαξη πολύτιμων αντικειμένων (το κρυφτούρι).